Monimuotoisuudelle merkittävimpiä kohteita ovat runsaslahopuustoiset kangasmetsät ja lehdot. On myös hyväksi, jos kohde on ollut pidemmän aikaa metsätaloustoimien ulkopuolella. Lisäksi kaikki vanhat koloiset ja järeät puut ovat luonnon monimuotoisuuden kannalta arvokkaita. Erityisen arvokkaita ovat metsät, joissa kasvaa kookkaita haapoja, sillä yksittäisellä isolla haavalla voi elää satoja eliölajeja.
Helmi-ohjelma laajentaa METSOn monimuotoisuussopimukset metsistä muihinkin elinympäristöihin. Helmissä aktiivinen luonnonhoito ja ennallistaminen nousevat voimakkaasti suojelun rinnalle. Kaikki toimet ovat maanomistajille vapaaehtoisia.
Soidensuojelu myös puuttomille soille on Helmin merkittävimpiä toimenpiteitä. Suojelun toteutus on aloitettu Soidensuojelun täydennysehdotuksen kohteilta. Se on lista luontoarvoiltaan valtakunnallisesti merkittävistä soista, jotka valittiin valmisteltaessa Soidensuojelun täydennysohjelmaa. Edunvalvonnan myötä soidensuojelu toteutetaan yksityismailla vain vapaaehtoisesti. Myös maakuntakaavojen suojeluvarauksia ja olemassa olevien suojelualueiden viereisiä soita voi tarjota Helmi-suojeluun.
Vaikuttavimmat HELMI-teot luonnon monimuotoisuuden hyväksi: